Benjamin Zix nait le 25 avril 1772 à Strasbourg . Il s'initie à son futur métier dans une école de dessin de la ville, avant de se perfectionner auprès d'un peintre strasbourgeois.
De même que beaucoup de ses contemporains, le jeune Benjamin rejoint l'armée comme volontaire en 1792. De santé médiocre, il finira par être réformé en 1800. Entre-temps, en 1798, le général Balthazar de Schauenbourg, commandant les troupes françaises en Suisse, se l'est attaché en tant que dessinateur. Zix exécutera de nombreux dessins le représentant dans ses différentes activités militaires.
En 1805, la municipalité de Strasbourg le charge de la décoration de l'arc de triomphe dressé dans la ville à l'occasion de la visite de l'Empereur. Son travail est remarqué par Dominique Vivant Denon, directeur général des musées, peut-être à la suite d'une recommandation de l'impératrice Joséphine. Denon engage Zix à titre de dessinateur et l'emmène avec lui en Allemagne et en Autriche.
Au début de 1806, Zix exécute cinq dessins commémorant le retour de Napoléon à Strasbourg après la victoire d'Austerlitz. Ces dessins font l'objet de gravures. Zix s'installe ensuite à Paris avec sa femme, mais il va passer les années suivantes à ratisser l'Europe à la suite de Vivant-Denon, à la recherche d'oeuvres pour peupler le musée du Louvre. En octobre, de passage à Weimar, Zix dessine le portrait de Johann Wolfgang von Goethe.
En 1807, il participe sans succès au concours organisé pour la commémoration de la bataille d'Eylau (le vainqueur est Antoine Jean Gros).
Zix parcourt ensuite l'Espagne puis l'Autriche. Au cours de cette période, il dessine un certain nombre des bas-reliefs qui orneront la colonne Vendôme.
En 1811, toujours à la suite de Vivant-Denon, il sillonne l'Italie. À Pérouse, Benjamin Zix contracte une "fièvre pernicieuse" dont il décède le 7 décembre.