Au cours des premiers mois de l'année 1799, l'Angleterre réunit ce qui va devenir la deuxième coalition. Le plan sur lequel s'accordent les alliés prévoit d'attaquer la France sur toutes ses frontières au moment même où éclateront, sur le territoire de la République comme dans les pays occupés, des soulèvements royalistes.
Organes dirigeants
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Pour organiser ces soulèvements, la faction royaliste, en France, s'est réorganisée après son échec du 18 fructidor an V. Elle est désormais dirigée par « l'agence de Souabe » qui comprend des généraux - Amédée Willot, évadé de Guyane ; Louis François Perrin de Précy, ancien chef de la contre-révolution à Lyon en 1793 - et les anciens députés Antoine Balthazar Joachim Dandré (ou d'André) et Jacques Imbert-Colomès. Le comte de Provence prend cependant aussi les avis d'un « Conseil royal secret », auquel appartiennent Pierre-Paul Royer-Collard et François-Xavier de Montesquiou-Fézensac. Quant à son frère, le comte d'Artois, prudemment tenu à l'écart, il possède donc son propre conseil, plus actif sinon plus efficace, et dont certains membres, Jean-Guillaume Hyde de Neuville, Jules de Polignac, Louis de Bourmont, sont à l'orée d'une longue carrière d'intrigants.
Les Instituts philanthropiques, qui ont réussi à survivre au 18 fructidor, forment le second étage de l'organisation royaliste. Réorganisés en 1798-99 par l'abbé Jean-Louis de Fénis de Lacombe et Louis Dupont-Constant, ils ont su adapter leur doctrine aux nouvelles réalités : n'agir que de concert et au moment opportun, d'ici là entretenir de bonnes relations avec tous les partis, donner des gages aux autorités et gagner leur confiance afin de ne pas risquer une destruction prématurée.
Quand l'insurrection qui doit mettre fin à la République et placer Louis XVIII sur le trône devient imminente, les instituts se mettent à recruter. L'armée royaliste se peuple de sympathisants, très fréquemment d'anciens militaires. Son organisation, excellente sur le papier, l'est beaucoup moins dans la réalité. Deux instituts, les plus actifs, dirigent le mouvement : ceux de Toulouse et de Bordeaux. Dès nivôse an VI (janvier 1798), l'institut de Bordeaux est suffisamment fort pour mettre sur pied une manifestation contre le colonel Jean Lannes, qui n'échappe pas sans mal à un sort funeste. L'Institut de Toulouse, lui, compte en théorie 40 000 adhérents. Si beaucoup de ses membres sont peu actifs, cela ne l'empêche pas d'agir pour diffuser la propagande royaliste ou de prendre contact avec les émigrés commandés par le comte Jules de Paulo, massés derrière la frontière espagnole.
Ce sont ces Instituts qui ont pour mission de provoquer des soulèvements dans plus de la moitié du territoire (Sud-Ouest, Vendée, Bretagne), au moment où les armées de la coalition toucheront aux frontières du pays, à Nice, dans le Jura ou en Alsace, et où les Anglo-Russes débarqueront en Hollande. La date prévue tourne autour de la fin août 1799. Cette imprécision, inévitable, aura pour conséquence le déclenchement successif des différents mouvements, alors que seule leur simultanéité aurait pu mettre en danger le régime.
Insurrection du Sud-Ouest
En 1798 et durant les premiers mois de 1799, l'institut de Toulouse se montre le plus dynamique. Gendarmes, patriotes, fonctionnaires et acquéreurs de bien nationaux de la Haute-Garonne, de l'Ariège et du Lot-et-Garonne sont ses cibles privilégiées. Il multiplie contre eux les assassinats et les incendies volontaires, sans dédaigner de se livrer à des actions plus symboliques comme les destructions d'arbres de la liberté.
Dans la région toulousaine se concentrent émigrés, prêtres réfractaires et déserteurs, au point d'inquiéter les autorités locales. Toujours jacobines, celles-ci n'ignorent rien de la situation (les instituts, peu méfiants, accueillent dans leur rang jusqu'à des généraux républicains, qui transmettent à leurs chefs les plans des conjurés) et se tournent vers le ministère de la Police pour l'informer et lui réclamer des renforts. Parfaitement renseigné, donc, le Directoire ne prend pourtant que des mesures de portée générale. C'est que, devant faire face à l'invasion étrangère, le gouvernement manque de troupes.
Les insurgés, qui comptent s'emparer en premier lieu de Toulouse et de son arsenal afin de s'armer, ont ordre d'agir le 10 ou le 12 août 1799, date à laquelle l' « agence de Souabe » pense que les Anglo-Russes doivent débarquer en Hollande et les Austro-Russes se présenter sur les frontières françaises, du Rhin jusqu'à la Méditerranée.
En réalité, le débarquement n'aura lieu que fin août et l'offensive austro-russe progressera moins vite que prévu. Qui plus est, les insurgés toulousains agissent prématurément et, de surcroît, sans se coordonner avec les autres foyers de rébellion : les Toulousains se soulèvent dès le 4 août 1799, les Bordelais préfèrent attendre le 15 août, tandis que Vendéens et Bretons ne se croient pas en état d'agir avant la mi-septembre.
Malgré ses 10 000 hommes organisés militairement (mais 1 000 d'entre eux seulement sont armés de fusils), le général Antoine Rougé, républicain passé au royalisme, ne parvient pas à s'emparer de la ville rose. Tenu en échec par l'énergique réaction des autorités républicaines de la cité, il doit se contenter de tenir la campagne environnante : le Gers, à la notable exception d'Auch, la partie du Lot voisine de la Haute-Garonne et l'arrière-pays Ariégeois. Pire, Rougé et son chef, le comte de Paulo, tout juste arrivé d'Espagne, commencent à perdre le contrôle de ces territoires dès le 10 août, souvent du fait de l'action des gardes nationales locales. Ils décident alors de faire retraite vers la frontière espagnole mais, le 20 août, subissent une attaque qui détruit leur armée.
Le 25 août 1799, l'insurrection est matée.
A Bordeaux, la nouvelle des événements toulousains agite quelque peu les cercles royalistes mais une vague d'arrestations les décime et pousse à la fuite ses principaux dirigeants.
La répression est modérée. Les nombreuses arrestations aboutissent souvent à l'élargissement des inculpés. Le Directoire évite de procéder à une répression trop dure, de peur d'être débordé par ses alliés jacobins. Plus de 4 000 insurgés (sur 6 000) sont libérés, dont le comte de Villèle (père du futur Premier Ministre de Louis XVIII et Charles X), ce qui donne une idée de la sévérité des juges. Seuls onze rebelles sont condamnés et exécutés avant le 18 brumaire.
Insurrections de l'Ouest
Tout aurait pu tourner beaucoup plus mal pour la République si Toulouse et Bordeaux avaient réussi à synchroniser leurs mouvements et si ceux-ci s'étaient accompagnés d'une reprise des hostilités en Vendée, en Bretagne et dans les Charentes.
L'effervescence qui n'a jamais cessé de régner dans l'Ouest, dégénérant souvent en pur brigandage (les fameux « chauffeurs »), y fait vivre fonctionnaires et acheteurs de biens nationaux dans l'insécurité. Si bien que les villes, qui pâtissent le plus de cette situation, se rallient peu à peu aux autorités républicaines. Celles-ci ont d'ailleurs fait des efforts pour y parvenir, décidant par exemple de reporter provisoirement l'application aux départements de l'Ouest des lois sur la conscription. Mais la propagande royaliste a si bien su détourner le sens de cette mesure que les Princes croient alors le moment venu de préparer une nouvelle insurrection. Georges Cadoudal, Louis de Bourmont et Louis de Frotté en sont chargés.
L'action est programmée pour le milieu d'août 1799. Mais les chefs royalistes de l'Ouest, au nombre de 200 environ, ne se réunissent qu'à la mi-septembre, au château de la Jonchère. Il est déjà trop tard : dans le Sud-Ouest, l'insurrection a fait long feu ; sur les frontières, Guillaume Marie-Anne Brune en Hollande et André Masséna à Zurich ont repoussé l'invasion ; à Fréjus, Napoléon Bonaparte débarque le 9 octobre.
Les débuts du soulèvement sont cependant victorieux. Bourmont prend Le Mans le 14 octobre 1799 et l'occupe plusieurs jours, s'emparant de nombreux fusils et de plusieurs canons. Nantes est fugitivement occupée quelques jours plus tard, tout comme Saint-Brieuc où l'ancien Constituant Jean-François Pierre Poulain-Corbion est exécuté.
Le général républicain Gabriel Marie Joseph d'Hédouville organise toutefois rapidement la riposte et a déjà obtenu des succès notables quand le coup d'Etat de Brumaire sème le doute parmi les insurgés, dont certains croient pressentir en Bonaparte un émule de George Monck (l'ancien fidèle d'Oliver Cromwell, qui avait aidé après la mort de celui-ci au rétablissement de la monarchie en Angleterre).
La pacification
Dans le Sud-Ouest, après le 18 brumaire, des mesures de grâce très généreuses sont appliquées. Même les émigrés pris les armes à la main en bénéficient. Les plus malchanceux, en petit nombre, sont condamnés à la déportation et transportés dans l'île d'Oléron.
Dans l'Ouest, le 24 novembre 1799, Hédouville, avec l'assentiment de Bonaparte, annonce la suspension des hostilités. Le 2 décembre suivant, nombre de chefs royalistes signent une trêve, au château d'Angrie, près d'Angers. Le 19, Hédouville proclame un armistice général. Bientôt, l'abbé Étienne-Alexandre Bernier, un des principaux chefs royalistes, se rallie au gouvernement. Le 26, deux autres chefs chouans, Louis d'Andigné et Jean-Guillaume Hyde de Neuville, rencontrent Bonaparte. Présentant les Bourbons comme des lâches incapables de marcher à la tête de leurs troupes et promettant pour son compte de protéger la religion catholique, le Premier consul les engage à changer de camp. De retour en Bretagne, d'Andigné et Hyde de Neuville conseillent aux autres chefs de traiter, conseil que la plupart d'entre eux vont suivre.
Charles d'Autichamp, qui commande les forces royalistes en Vendée et sur la rive gauche de la Loire est le premier à signer la paix, le 18 janvier 1800. Le 20, il est imité par le commandant des royalistes dans le Maine et l'Anjou : Pierre Louis Godet, comte de Châtillon. Du coup, les royalistes de Bretagne et de Vendée ont de plus en plus de mal à résister aux troupes républicaines, dont les effectifs vont croissant car le général Brune et une partie de ses troupes, après leurs succès en Hollande, ont été transférés dans l'Ouest.
Bourmont fait sa soumission le 4 février1800 ; Cadoudal le 14 ; Frotté est arrêté le 15 et exécuté le 18. Les deux premiers rencontrent à leur tour le Premier consul. L'hostilité de Cadoudal, qui s'est pourtant vu offrir le grade de général de division, n'est pas entamée par cette entrevue. Bourmont hésitera quelques années encore avant de se rallier à Napoléon puis de le trahir, la veille de la bataille de Mont-Saint-Jean (dite aussi de Waterloo).
Conséquences
Ces échecs signent la fin d'un cycle du mouvement contre-révolutionnaire. Le temps des opérations militaires se clôt ; vient celui des complots et des conspirations dirigés contre la personne même de Napoléon Bonaparte.