L'arrivée au pouvoir de Napoléon Bonaparte, le 18 brumaire an VIII, provoque chez nombre de royalistes des espoirs chimériques. Si certains, comme François-René de Chateaubriand, jugent impossible un retour à la monarchie et se rallient à un régime plus acceptable à leurs yeux que la République telle qu'elle existe depuis 1792, d'autres, au premier rang desquels le prétendant lui-même, veulent espérer du nouveau maître du pays une restauration plus ou moins rapide de Louis XVIII. Il en est même quelques-uns pour imaginer que Bonaparte pourrait placer sur le trône Louis-Philippe d'Orléans, projet dont ce prince, plus réaliste que ses partisans, ne se préoccupe guère.
Les illusions royales
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En septembre 1800, le Premier consul s'exprime pour la première fois de façon officielle, et avec une grande netteté, sur ces perspectives. A une lettre du comte de Provence qui lui demande personnellement de travailler à son rétablissement, il répond sans ambages : Vous ne devez pas souhaiter votre retour en France, il vous faudrait marcher sur cent mille cadavres.
Cela ne suffit pourtant pas à dissiper définitivement les illusions du frère de Louis XVI. La rupture définitive de ses pourparlers avec Bonaparte n'a lieu que deux ans plus tard, au début de 1803. Cette année là, une diplomatie française mal inspirée sollicite, avec d'abord un certain succès, la médiation de la Prusse et de la Russie pour qu'elles persuadent de renoncer à ses droits héréditaires le comte de Lille (ainsi se fait appeler alors le futur Louis XVIII, installé à Varsovie et vivant d'une pension servie par le Tsar). Le prétendant, comprenant enfin qu'il n'a rien à espérer de celui en qui il ne verra plus désormais qu'un usurpateur, parvient, par une réaction habile, à déjouer cette tentative et à consolider sa position. Au final, il transforme l'initiative maladroite de Bonaparte en un moyen de confirmer ses prétentions au trône de France.
Ces hésitations ne font cependant qu'affaiblir davantage une faction déjà bien mal en point depuis que les principaux dirigeants de la chouannerie ont fait leur soumission au régime, fin 1799-début 1800. Du coup, certains chefs de la contre-révolution en tirent la conclusion que Bonaparte est en réalité le plus grand des obstacles à une Restauration. Se montrant, déjà, plus royalistes que le Roi, ils décident dès 1800 d'éliminer le Premier consul.
L'attentat de la rue Saint-Nicaise
Georges Cadoudal et Jean-Guillaume Hyde de Neuville sont les premiers à se mettre à l'oeuvre. Cadoudal a déjà une longue expérience, essentiellement militaire : il a commandé les chouans de Bretagne en 1793 et 1799 et participé au débarquement de Quiberon en 1795. Le comte d'Artois a fait de lui un lieutenant-général. Hyde de Neuville, lui, n'est encore qu'un jeune homme de 24 ans qui s'est signalé en organisant une manifestation royaliste à Paris, le 21 janvier 1800, pour l'anniversaire de l'exécution de Louis XVI. Avec ses amis, il a, ce jour là, tendu de noir la façade de l'église Sainte-Madeleine et placardé sur sa porte le testament du roi. La plupart de ses complices ont été pris et fusillés ; lui s'est échappé.
Les deux hommes commencent par faire naître dans le pays une certaine fermentation, afin de donner à la police des sujets de préoccupation qui détournent son attention de leurs propres projets. Dans ce but, ils organisent l'enlèvement du sénateur Clément de Ris, parfois faussement attribué à Joseph Fouché, et qui donnera à Honoré de Balzac l'idée de son roman Une ténébreuse affaire. L'assassinat de l'évêque constitutionnel et régicide Yves-Marie Audrein, le 19 novembre 1800, est probablement aussi de leur fait.
Mais le véritable objet de leurs travaux ne se révèle que le 24 décembre 1800, dans la rue Saint-Nicaise. Ce soir là, une machine infernale, composée d'un tonneau rempli de poudre à canon, de matériaux inflammables et de balles, explose peu après le passage de la voiture de Bonaparte, en route pour l'opéra. L'attentat tue 22 personnes et en blesse une centaine d'autres sans que le Premier consul et ses proches soient touchés. Seuls un ou deux membres de la garde consulaire sont atteints.
Contre l'opinion de Fouché, l'attentat est d'abord, non sans arrière-pensées, attribué aux Jacobins. Ce qui permet de déporter arbitrairement aux îles Seychelles une centaine d'entre eux, tout en révoquant les fonctionnaires suspects de jacobinisme ou d'un manque de sympathie pour le nouveau régime. La suite de l'enquête ne manque cependant pas de révéler que les véritables auteurs de la conspiration sont des chouans, complices de Cadoudal et de Hyde de Neuville. Les deux organisateurs parviennent à échapper aux recherches. Pas leurs agents d'exécution, François-Joseph Carbon et Pierre Saint-Réjeant, qui sont arrêtés, jugés et finalement exécutés le 20 avril 1801.
Une accalmie provisoire
Les années suivantes, marquées par l'installation progressive de la paix, à la faveur de la signature des traités de Lunéville (1801), de Paris et d'Amiens (1802), sont des années de calme intérieur. Mais des difficultés dans la mise en oeuvre de ce dernier traité surgissent dès 1803 avec l'Angleterre, augurant mal de l'avenir de la paix européenne. De fait, avec la reprise des conflits, la situation intérieure change à nouveau.
Les officines contre-révolutionnaires se remettent alors à fonctionner à plein régime. Au premier rang d'entre elles se situe le réseau d'espionnage du comte d'Antraigues. Il alimente ses clients (principalement la Russie et l'Angleterre) en renseignements de grande valeur glanés en France par des correspondants parfois très bien placés, tel cet « Ami de Paris » qui est resté mystérieux. Celui-ci, puis son fils par la suite, lui transmettent la correspondance de l'ambassadeur de France à Saint-Petersbourg avec le ministère des Relations extérieures, le plan de la campagne navale de 1805 (facilitant peut-être ainsi la tâche de l'amiral Horatio Nelson) ou l'inventaire des effectifs de la Grande-Armée au début de la campagne d'Allemagne de 1805.
Dès 1803, le Premier consul réclame auprès de l'Électeur de Saxe l'expulsion du comte d'Antraigues, installé alors à Dresde, puis, après avoir essuyé un refus, envisage de le faire enlever. La chose s'étant révélée impraticable, Bonaparte se contente de faire publier des Mémoires secrets qui donnent de la conduite du comte à Milan en 1797 une interprétation injurieuse, de nature à le discréditer.
La conspiration de Cadoudal
Parallèlement, toujours en 1803, les complots reprennent, probablement sous l'impulsion du comte d'Artois. En effet, Hyde de Neuville et Cadoudal, qui n'ont pas renoncé à leur idée d'assassiner Bonaparte, sont venus en Angleterre dans les premiers mois de l'année afin de lui exposer leur plan : s'emparer de Bonaparte puis le mettre à mort, avant de déclencher une insurrection générale dans tout le pays, sous la direction d'un prince de la maison de Bourbon passé en France pour y garantir le trône à Louis XVIII. Il est possible que Monsieur ait parlé de venir en personne, sans s'y engager catégoriquement.
Cependant, la conjuration s'organise. Il est prévu que le rapt de Bonaparte s'effectue sur la route de Saint-Cloud à Paris. Munis par les autorités britanniques d'un confortable viatique d'un million de Livres Sterling, plusieurs chouans se logent à Paris, bientôt rejoints, le 30 août 1803, par Cadoudal, débarqué le 23 sur la côte normande.
Les autorités françaises sont rapidement informées de sa présence sur le territoire de la République par un agent double, Jean Claude Hippolyte Méhée de la Touche. Infiltré peu auparavant au sein des réseaux royalistes à l'occasion d'une opération visant les services de renseignement anglais, celui-ci transmet à la police deux lettres qui révèlent, l'une l'installation à Paris de Cadoudal, l'autre l'arrivée imminente d'un Bourbon en France. Malgré ces informations, le chef chouan, pourtant vivement recherché, demeure insaisissable.
En janvier 1804, le 16, c'est au tour de Jean-Charles Pichegru de débarquer clandestinement en France. Parmi ses compagnons se trouve Jules de Polignac (le futur premier ministre de 1830), mais pas le comte d'Artois, à la grande consternation de Cadoudal. Les préparatifs ne s'en poursuivent pas moins.
Le 28 janvier, Cadoudal et Pichegru rencontrent Jean Victor Moreau. Celui-ci, qui passe aux yeux du public pour républicain, est très probablement plutôt favorable aux royalistes, comme en témoignent sa conduite en diverses occasions de 1796, 1797 ou 1803 et son attitude en 1813. La gloire encore éclatante de sa victoire de Hohenlinden, l'hostilité croissante qu'il manifeste au Premier consul (envenimée par la jalousie de sa femme et de sa belle-mère à l'égard de Joséphine de Beauharnais) ont attiré sur lui l'attention des conspirateurs royalistes. Mais Moreau refuse de participer à l'élimination de Bonaparte quoi qu'il s'attende, affirme-t-il, à lui succéder s'il devait disparaître. Comme il reste de surcroît parfaitement vague sur l'éventualité d'une Restauration, Cadoudal sort de l'entrevue exaspéré, convaincu que le général ne voit dans la conjuration qu'un moyen d'atteindre ses ambitions personnelles.
Le démantèlement du réseau
Peu après, la police se saisit de deux proches de Cadoudal, dont les révélations entrainent une vague d'arrestations parmi les comploteurs. L'entrevue du 28 janvier est alors portée à la connaissance du gouvernement. Bonaparte, fort de preuves irréfutables, fait incarcérer Moreau à la prison du Temple le 15 février.
Les jours suivants, la quasi-totalité des chouans installés à Paris sont débusqués et emprisonnés. Mais Cadoudal court toujours et reste introuvable. Une loi, le 27 février, assimile à un crime capital le fait de le cacher ou de lui apporter de l'aide, ainsi qu'à ses complices. Il s'ensuit une vague de délation. Armand de Polignac se fait prendre le 29 février, son demi-frère Jules le 4 mars. Le 9, Cadoudal est localisé mais il parvient à s'enfuir en tuant un policier lorsque la police cherche à l'arrêter. Pourchassé, il est finalement maîtrisé près du carrefour de l'Odéon.
Écroué lui aussi au Temple, il ne fait pas de difficulté pour avouer avoir projeté l'enlèvement du Premier consul. En revanche, il disculpe totalement Moreau, l'accusant au contraire de porter la responsabilité de l'échec du complot, eu égard à son rêve de se substituer au Premier consul et à son refus d'oeuvrer à la Restauration de Louis XVIII.
Fin mars, tous les complices de Cadoudal sont sous les verrous. Le 16 avril, Pichegru est retrouvé étranglé dans sa cellule. Suicide ou bien assassinat pour éviter qu'il ne révèle les noms d'autres complices, le débat n'est pas tranché.
La répression
Les conjurés sont jugés par un tribunal d'exception. Ni jury ni possibilité d'appel ne sont prévus. Les audiences durent du 28 mai au 10 juin. Moreau est condamné à deux ans de prison, peine dont la légèreté met Bonaparte en fureur et qu'il commue en bannissement à vie. Le vainqueur d'Hohenlinden s'exile donc, aux Etats-Unis. Il n'en reviendra qu'en 1813, pour seconder de ses conseils les armées européennes coalisées contre son pays et mourir après avoir été fauché par un boulet français lors de la bataille de Dresde.
Cadoudal, Armand de Polignac et dix-sept autres inculpés, eux, sont condamnés à mort. Mais la mobilisation des nombreux aristocrates déjà rentrés d'émigration en faveur de leurs pareils décide Bonaparte à gracier tous les condamnés nobles. Il leur faudra cependant attendre en prison la Restauration de 1814.
Les roturiers sont guillotinés le 24 juin.
Le retentissement de la condamnation des conjurés est énorme dans toute l'Europe, surtout parce qu'elle s'accompagne de la nouvelle sidérante de l'enlèvement et de l'exécution du duc d'Enghien.